Terra Incognita débute en 2154 alors que la civilisation terrienne est à l'agonie. Un conflit généralisé d'une incroyable violence a en effet embrasé l'ensemble de la planète. Les grands conglomérats commerciaux et les puissances dominantes s'affrontent dans une guerre sans merci qui conduit inexorablement l'espèce humaine vers son anéantissement définitif. Un journaliste d'investigation, Erwan le Naëc, n'en continue pas moins de travailler au beau milieu de cette apocalypse annoncée. Ses ordinateurs, reliés aux satellites d'observation, enregistrent la répétition d'étranges phénomènes : des individus disparaissent subitement, happés par un mystérieux rayon lumineux venu des étoiles. Des individus qui ne semblent manifestement pas être choisis au hasard. Tous sont des descendants des civilisations fondatrices de l'humanité...