Pierre de Médicis qui gouverne Florence, ne voit pas venir le danger que représente le moine Savonarole, visionnaire pour les uns, fou pour les autres, il tente de chasser les Médicis de Toscane. Depuis Rome, les Borgia veulent la mainmise sur l'Église mais ils ne sont pas les seuls arbitres de ce conflit… Nicolas Flamel le plus vif de ce siècle semble bien décidé à prendre part au destin de sa patrie.